Bộ phận dùng làm thuốc của phá cố chỉ là hạt, thu hái vào mùa thu ở quả chín, phơi khô, dùng sống hoặc chế biến như sau: Phá cố chỉ sao: lấy hạt phá cố chỉ sao nhỏ lửa đến khi có mùi thơm. Phá cố chỉ chích muối: cho phá cố chỉ (10kg) vào nước muối (0,2kg) trộn đều. Để một giờ cho hạt đậu ngậm hết nước muối rồi sao nhỏ lửa cho phồng. Có thể trước khi cho ngậm nước muối, ngâm hạt với rượu rồi với nước trong 12 giờ, vớt ra, phơi khô rồi mới tẩm muối. Phá cố chỉ chích rượu: ngâm phá cố chỉ (10kg) trong rượu (2 lít), để 1 giờ cho hút hết rượu rồi sao nhỏ lửa cho đến khi có mùi thơm.
Trong y học cổ truyền, hạt phá cố chỉ có vị đắng, vị cay, mùi thơm hắc, tính nóng, có tác dụng bổ thận, tráng dương, chỉ thống, tán ứ, làm se, rất tốt cho người già yếu, đau lưng; cho nam giới mỏi gối, di tinh, liệt dương; cho phụ nữ kinh nguyệt không đều, khí hư.
Liều dùng hằng ngày 4-12g dưới dạng thuốc sắc, thuốc bột hoặc viên hoàn.
Thường phối hợp với các vị thuốc khác trong các trường hợp sau:
Chữa liệt dương: phá cố chỉ, thỏ ty tử, hồ đào nhục, mỗi vị 9g, trầm hương 2g. Tất cả tán bột, rây mịn, trộn với mật ong làm viên. Ngày uống 3 lần, mỗi lần 9-18g với nước muỗi loãng.
Hoặc phá cố chỉ, hà thủ ô đỏ, trâu cổ, kỳ tử mỗi vị 40g, liên nhục 20g, cao ban long, thục địa, mỗi vị 16g; quế 10g. Tất cả tán bột, làm viên. Ngày uống 20-40g.
Chữa di tinh, tiểu són, tiểu không tự chủ: phá cố chỉ 12g, nhân hạt máu chó, đương qui, ba kích, thục địa tẩm rượu sao, mỗi vị 10g; hồi hương, nhục quế, mỗi vị 16g. Tán bột mịn, làm viên, uống mỗi ngày 20-30g. Hoặc phá cố chỉ 12g; liên nhục 16g; sừng nai, ba kích, thỏ ty tử, hoàng tinh, hoài sơn, mỗi vị 10g. Tán bột uống 30g mỗi ngày hoặc sắc uống mỗi ngày 1 thang.
Chữa thận hư, tỳ vị kém, lưng gối lạnh đau, kinh bế, lỵ lâu ngày không khỏi: phá cố chỉ 30g, nhục đậu khấu 30g. Tán bột, trộn với hồ được chế từ gừng và đại táo, làm thành viên. Ngày uống 2 lần, mỗi lần 10g.
Chữa tiểu tiện ít, tiểu tiện khó: phá cố chỉ, phụ tử chế, nhục thung dung, thục địa, đương qui, mỗi vị 12g; lộc nhung, trầm hương, mỗi vị 4g; xạ hương 0,4g. Tất cả tán bột làm viên uống mỗi ngày 5-10g.
Hoặc phá cố chỉ 12g, hoài sơn 16g, thục địa, ngưu tất, khiếm thục, kim anh, mỗi vị 12g; trạch tả, phục linh, phụ tử chế, tang phiêu diêu, mỗi vị 8g; nhục quế 4g, sắc uống ngày 1 thang.
Chữa đau bụng sau khi hành kinh: phá cố chỉ 8g, thỏ ty tử, ngưu tất, mỗi vị 12g; ba kích, bạch thược, thục địa, đương qui, a giao, mỗi vị 8g sắc uống.
Chữa động thai ra máu: phá cố chỉ 8g, đản sâm 16g, bạch truật, đỗ trọng, tục đoạn, mỗi vị 12g; thỏ ty tử, ích chí nhân mỗi vị 18g, sắc uống.Chữa tiêu chảy mạn tính: phá cố chỉ, thỏ ty tử, nụ sim, trần bì, mỗi vị 20g; vỏ rộp ổi, vỏ quả lựu, hoắc hương, mỗi vị 12g; gừng khô 8g; quế 6g. Tán nhỏ, mỗi ngày uống 8g