Ông rất chú ý đến 3 đức tính mà thầy thuốc phải có là “Nhân – Minh – Trí” và Ông quan niệm, nguồn gốc mọi bệnh tật đều từ chữ “DỤC”. Phàm người ta chết vì cuộc sống, ốm vì dục vọng’. Ông rất chú ý đến việc dùng thuốc Nam.
Đối với thương hàn ngoại cảm, Chu Văn An cho rằng một phần do sự thiên thắng của thời khí, một phần do sự suy yếu của cơ thể. Tuy bệnh lý chuyển biến âm dương biểu lý khác nhau nhưng cách trị không ngoài việc điều hòa âm dương và công tà bổ chính. Vì vậy ông chỉ quy nạp bệnh về hai loại là Dương chứng (Nhiệt) và Â chứng (Hàn), tùy chứng mà gia giảm để điều hòa cơ thể, bồi bổ chính khí phối hợp với việc đẩy bệnh tà ra một cách nhẹ nhàng. Từ đó ông chế ra hai bài thuốc Đăng Khấu Thang [Sinh địa, Huyền sâm, Sài hồ, Mộc thông, Hoàng cầm, Chi tư, Gừng, Hành, Cam thảo] (trị nhiệt) và Cố Nguyên Thang [Đẳng sâm, Đương quy, Can khương, Trần bì, Chích thảo, Nhục quế, Phụ tử chế, Táo] (trị hàn).
Chu Văn An đã vận dụng linh hoạt hai bài thuốc trên trị cho hơn 700 trường hợp và đã phổ biến cho người đương thời biết và sử dụng. Đối với bệnh ôn dịch năm 1358-1359, ông đã chế ra bài Thần Tiên Cứu Khổ Đơn cứu sống được rất nhiều người. Đối với bệnh ôn nhiệt, ông chế ra bài Tuấn Lưu Ẩm (Sinh địa, Thục địa, Huyền minh phấn, Mộc thông, Chi tử, Thạch hộc, Cam thảo, Lá tre, Đăng tâm thảo). Sau khi uống 1 thang, bớt sốt nhưng còn tiêu chảy, ông cho uống Bạch Long Tán, dùng độc vị Thạch cao sống, tán bột, hòa với nước nóng, uống lúc còn hơi âm ấm thì ngưng tiêu chảy ngay. Để điều bổ thủy hỏa, ông chế ra bài (Tư Khảm Đơn (Thục địa, Hoài sơn, Phục linh, Lộc giác giao, Mạch môn) và Dưỡng Ly Đơn (Thục địa, Sơn thù (sao rượu), Hoài sơn (sao), Phục linh, Phụ tử (chế), Nhục quế, Ngũ vị (sao mật), Trầm hương (một ít).
Câu nói nổi tiếng của Chu Văn An: " Người thức gỉa phải nói lên sự thật, cốt sao cho dân được ấm no, thiên hạ thái bình, triều đình vững mạnh" và "nhân sinh thức tự đa ưu hoạn" – người trí thức thì nhiều lo nghỉ cho dân cho nước.