Nội dung lên án những việc làm bất chính hại đến tính mạng nhân dân:
+ Cống mê tín dị đoan, chữa bệnh bằng phù phép huyền bí.
+ Chống lừa bịp người bệnh, gian dối trong việc bán thuốc.
+ Chống trị bệnh theo bá đạo, dùng thuốc hoặc châm cứu bừa bãi do thiếu học tập y lí. Ông cũng đề cao việc cứu chữa cho người nghèo khổ, chu cấp thuốc và tận tình giúp đỡ họ. Khuyên các thầy thầy thuốc khiêm tốn học hỏi, không tự phụ chủ quan, không giáo điều với sách vở.
Mở đầu có hai bài luận bằng chữ Hán nêu lên tầm quan trọng của nghề y và những nét lớn về y lí trị liệu, cơ sở biện chứng và phương châm dùng thuốc. Bài ‘Trích Yếu’ bàn về âm dương,nêu lên quy luật biến hóa của âm dương, thủy hỏa, khí huyết trong sinh lý và bệnh lý.
Phần Đạo Dẫn và Nhập Môn nói chuyện với Ngư tiều bằng ca Nôm lục bát, có phụ thêm các bài thơ ca bằng chữ Hán, gồm các mục lý luận cơ bản về Ngũ hành, Tạng phủ, Kinh lạc, Vận khí, Chản đoán, Biện chứng, Dược học, Nhi khoa, Phụ khoa, Châm cứu.
Phần cuối có một bài Luận Về Tiêu Bản và một bài Tạp Trị Phú bàn chung về các cách trị bệnh…
Ngoài ra, sách cũng còn đề cập đến 4 mục:
1- Lịch sử Đông y với những sách thuốc cần đọc.
2- Âm Chất: nói về đạo đức của người thầy thuốc và việc ăn ở nhân đức, từ thiện (nhân thuật, nhan đạo).
3- Tra Án: răn các thầy thuốc chữa bậy, vụ lợi và chống mê tín dị đoan.
4- Thiện Chân: nêu lên phép dưỡng sinh và vệ sinh phòng bệnh.