Thắng lợi trở về, ông đứng đầu trông việc chữa bệnh trong cung ở Thái y viện và được phong tước Lương dược hầu. Rồi ông xin về và được phong sau khi mất là Lương dược linh thông cư sĩ (cư sĩ rất giỏi về cây thuốc) chữa bệnh cứu dân, ngăn chặn được một số bệnh dịch. Ông đã cứu công chúa Phương Dung, con vua Thế Tông và được làm phò mã. Hai vợ chồng ngày tháng tự trồng những cây thuốc quý. Ngoài giờ chữa bệnh, hai vợ chồng lại lên rừng xuống động đi tìm kiếm thuốc quý làm thuốc hoàn tán tại chỗ để cứu dân địa phương. Tại đền thờ ông ở làng Đa Sĩ (Hà Đông), còn ghi những phương thuốc Tam hoàng hoàn chữa sốt rét lam chướng và dịch tả rất công hiệu đã giúp quân đội vượt qua bệnh tật và được khắc tặng đôi câu đối:
“Thần trung nhạc giáng sinh, giúp nước ân cần lưu phương châu ngọc.
Phật dược vương xuất thế, cứu người công đức khắp cõi bao la” (Tạm dịch)
Cuốn sách Hoạt nhân toát yếu (Phép cốt yếu cứu người) gồm phần chính là 208 phương thuốc đơn giản và kinh nghiệm ứng trị các loại bệnh về nội, ngoại khoa, phụ khoa, nhi khoa và chữa bệnh cho gia súc, voi, ngựa để vận tải quân lương, trâu bò…và chỉ dẫn một số phép dưỡng sinh. Sách không nói đến nguyên nhân bệnh, nhưng cũng đi sâu phân tích dược lý và tác dụng của các phương thuốc mang tính chất biện chứng. Trịnh Đôn Phác (Thời Lê Hiến Tông) đi sứ có mang phương thuốc này đã chữa cho vua nhà Thanh khỏi bệnh. Vua nhà Thanh đã gửi sang tặng đền thờ Hoàng Đôn Hoà một cái choé bằng sứ, một cây đèn nến, một cái áo thờ bằng gấm tím và đôi câu đối.
Xét về dược học, cụ Hoàng Đôn Hoà đã nêu trên 300 vị trong đó 265 vị là thuốc Nam để bổ sung công dụng như lá Chỉ thiên, vỏ Dưa chuột chữa phạm phòng, Huyết dụ chữa bạch đới, lậu, đái giắt, Gỗ vang chữa ỉa chảy, lá Thanh Táo, cỏ Răng cưa đắp vết thương chảy máu.
Về điều trị vết thương, cụ đã trọng dụng Đại hoàng và vôi, trầu; chữa voi, ngựa, trâu bò bị dịch truyền nhiễm, mắt đỏ, họng đau không nuốt được thì dùng lá cốt khí tím, cỏ Chỉ thiên, sắn giây, gừng già cho uống. Dùng bột Bồ kết thổi vào lỗ mũi trâu bò bị nghẹt thở sẽ khỏi. Dùng Củ nâu, lá Đậu ván, lá Duối chữa trâu bò đau bụng. Kể một vài vị như thế để thấy tính dân tộc đại chúng của trước tác. Ngoài ra, cụ Hoàng Đơn Hoà còn đưa thuyết Thanh tâm triết học, kèm phương pháp Tĩnh công hô hấp. Ông tóm tắt phép dưỡng bệnh:
Bẩm sinh cá tính éo le
Rượu ngon gái đẹp bét nhè làm sao
Tiếc thay bệnh phát lúc nào
Ngàn vàng dốc hết, thuốc vào như không.
Nhờ cách dùng giản tiện và tác dụng độc đáo, tác phẩm Hoạt nhân toát yếu đã trở thành những phương thuốc hay của dân tộc, là một cống hiến cho nền y dược lâu đời của nước ta. Chúng ta nên và cần nghiên cứu kỹ lưỡng để tìm thêm những tác dụng độc đáo của các vị thuốc trên.
Công lao của ông đã được nhân dân địa phương ghi tạc bằng 3 bức hoành phi: Âm dương hợp đức, Lương y quốc, Thọ tư dân. Các triều đại sau đã truy phong ông là Phúc thần “ Lương dược Đại vương”. Hàng năm, cứ vào ngày 12 tháng Giêng là ngày tế lễ ông ở làng Đa sĩ và xã Kiến hùng, thị xã Hà Đông, Hà Tây.
Hoàng Đôn Hòa “ Tuệ Tĩnh” thứ hai của Việt Nam
Hoàng Đôn Hoà ở thôn Huyện Khê, xã Thanh Oai, tổng Thanh Oai thượng, huyện Thanh Oai, phủ Ứng Thiên rất tinh thông nghề y dược. Thời vua Lê Thánh Tông, năm Nguyên Hoà thứ 1 (1533), ông được cử làm Điều hộ lục quân (quân y dược), cứu chữa cho thương bệnh binh trong quân đội nhà Lê, đánh thắng quân nhà Mạc.