Do nhiều lý do, một số em bé được nuôi bằng sữa bột hoàn toàn hoặc xen kẽ với sữa mẹ. Những trẻ này sẽ có nhiều vấn đề về sức khỏe hơn bạn bè cùng lứa. Trước hết nguy cơ nhiễm khuẩn do sữa bột không có các kháng thể chống lại vi sinh vật gây bệnh, do việc pha chế và bảo quản sữa không hợp vệ sinh.
Các nghiên cứu cho thấy, những trẻ được nuôi hoàn toàn bằng sữa bột hoặc được bú mẹ chưa đầy 3 tháng bị tiêu chảy nhiều gấp đôi so với trẻ được nuôi chủ yếu bằng sữa mẹ trong 12 tháng đầu đời; nguy cơ tử vong vì tiêu chảy cũng cao hơn 4,2 lần. Trẻ được bú mẹ hoàn toàn trong 4 tháng đầu và tiếp tục bú cho đến 2 tuổi có thể giảm được 20% số tử vong vì nhiễm khuẩn đường hô hấp.
Tỷ lệ có cơ địa dị ứng (bị eczema, dị ứng thực phẩm, dị ứng đường hô hấp…) đến năm 17 tuổi ở những trẻ bú mẹ trong thời gian ngắn là 65%, ở những em bé được bú lâu là 42%. Nguy cơ hen suyễn và thở khò khè ở trẻ dưới 1 tuổi ăn sữa bột cũng cao hơn 50% so với trẻ được bú mẹ từ 9 tháng trở lên.
Việc nuôi nhân tạo còn liên quan đến một số bệnh mạn tính như tiểu đường type 1, tiêu chảy mỡ và ung thư. Trẻ được bú mẹ ít bị ung thư bạch cầu (leukemia) và một số ung thư khác. Nguy cơ tiêu chảy mỡ ở trẻ dưới 2 tuổi bú mẹ giảm 40% so với những em bé được nuôi nhân tạo.
Việc nuôi con hoàn toàn bằng sữa mẹ còn đem lại lợi ích lâu dài cho hệ thống tim mạch do làm giảm cholesterol toàn phần và lipoprotein tỷ trọng thấp (LDH). Về vấn đề này, các nhà khoa học cho rằng, sữa mẹ có thể lập trình chuyển hóa chất béo ở cuối đời, kết quả là hàm lượng cholesterol trong máu thấp hơn nên nguy cơ mắc bệnh tim mạch sẽ ít hơn.
Về nguy cơ béo phì, qua xem xét chỉ số khối cơ thể (BMI) lứa tuổi học đường ở Đức (đã loại trừ các nhân tố chi phối như tình trạng kinh tế – xã hội, cân nặng khi sinh và giới), các nhà khoa học nhận thấy, tỷ lệ mắc bệnh này ở những trẻ nuôi bằng sữa bột là 4,5% trong khi ở trẻ được bú mẹ hoàn toàn là 2,8%.
Các nghiên cứu cũng cho thấy, nguy cơ chậm phát triển trí tuệ cũng cao hơn ở những trẻ được nuôi nhân tạo. Theo kết quả trắc nghiệm từ ngữ, những trẻ bú mẹ từ 6 tháng trở lên có số điểm cao hơn 6-8 so với bạn cùng lứa được nuôi hoàn toàn bằng sữa bột.