Yên Tử là dải núi tương đối cao của vùng Đông Bắc Việt Nam. Yên Tử (Còn có tên là Linh Sơn – Núi Thiêng) với những khu rừng tự nhiên, đa dạng, phong phú đã nên một vùng sinh thái đặc thù, được nhà nước công nhận là khu bảo tồn thiên nhiên từ năm 1986 với diện tích trên 30.000 ha nằm trên địa bàn 2 tỉnh Quảng Ninh (Huyện Đông Triều) và tỉnh Bắc Giang (Huyện Sơn Động).
Trung tâm của khu bảo tồn là ngọn núi Yên Tử cao 1.068m. Các khe núi hình thành ở sườn phía Bắc chảy theo hướng Bắc chảy vào sông Lục ngạn, các suối ở sườn Nam đổ vào sông Kinh Thầy.
Các điều tra ban đầu về khu hệ động vật có xương sống ở Yên Tử đã ghi nhận 45 loài thú,11143 loài chim, 26 loài bò sát, 22 loài lưỡng thê với trên 50% là dược liệu quý. Về thú đáng chú ý có loài Lửng Chó và Cầy Vằn, dùng để phục hồi sức khỏe.Tuy nhiên loài này đang bị đe doạ tuyệt chủng trên toàn cầu. Một số loài chim được ghi nhận cũng là những loài đang bị đe doạ tuyệt chủng trên toàn cầu như Cụt Đuôi Bụng Vạch. Ba loài lưỡng thê là loài đặc hữu ở Việt Nam.
Về hệ thực vật, kết quả khảo sát thực địa mới nhất tại Tây Yên Tử đã xác định được 5 kiểu thảm thực vật chính:
– Ở độ cao dưới 100 m: Tồn tại 2 kiểu thảm thực vật đặc trưng là Trảng cỏ và Trảng cây bụi. Các loài cây này gồm một số loài cây dược liệu.
– Ở độ cao 100-200 m: Là Trảng hóp xen cây gỗ và tre nứa. Đây là hình thái của thảm thực vật thứ sinh, có một số loài cây dược liệu.
– Từ 200m trở lên đến 900 m là kiểu rừng kín thường xanh, cây lá rộng thường xen cây lá kim, mưa ẩm nhiệt đới.
– Từ 900m đến 1068m là kiểu rừng xen cây gỗ lá rộng.
Trong 5 kiểu thảm thực vật trên,kiểu rừng kín thường xanh cây lá rộng xen cây lá kim mưa ẩm nhiệt đới hiện chiếm hầu hết khu bảo tồn (70% các loài cây đã thống kê được). Các loài có giá trị kinh tế, có ý nghĩa khoa học cũng được phát hiện tại đây, đáng chú ý như Dẻ Đỏ, Dẻ Cau, Thông Nàng (Thông Đuôi Gà).Từ độ cao 900m thảm thực vật với ưu thế rõ rệt của thảm Trúc. Thảm Trúc xuất hiện ở gần đỉnh núi, chứng minh sức sống trường tồn ngay trên các sống núi chỉ toàn đá.
Tại Tây Yên Tử , đã thống kê được 492 loài thực vật bậc cao có mạch, xếp theo 8 nhóm sử dụng:
Nhóm cho gỗ 32,3%, nhóm cây thuốc 20,9%, nhóm cho ta nanh, nhóm cho tinh dầu và nhựa, nhóm làm thức ăn cho người, nhóm làm thức ăn cho động vật nuôi, nhóm làm vật liêu xây dựng, nhóm làm hàng mỹ nghệ và nhóm cây cảnh (chủ yếu là loài Lan) thì trên 40% tổng số loài cây đã thống kê được là cây dược liêu.
Tính đa dạng sinh học của hệ thực vật Tây Yên Tử còn được thể hiện bởi sự có mặt của một số loài quý hiếm, trong đó có 4 loài ghi trong Nghị định của Chính phủ số 48/2002/NĐ-CP ngày 22/4/2002 thuộc danh mục thực vật hoang dã quý hiếm nhóm IIA, đó là: Lim xanh, Kim giao, Sa nhân, Vù hương. Các loài cây thuốc ở độ cao dưới 700m có các họ Dỗu, Núc nác, họ Thích, họ Long não, họ Dẻ, họ Sau Sau, họ Ngọc Lan, họ Chè, quần thể trúc Yên Tử. Có những loài cây hết sức qúy hiếm như Tùng La Hán, Hoàng Đàn,Trúc Mặt, Trúc bụng phật, Súi núi đá, thông 2 lá… Ngoài ra có những cây thuốc tiêu biểu như Ba kích, Trầm hương, Bình vôi, Hoa Đầu, Thổ Phục Linh, Hoàng Đằng, Cẩu tích, Bồ cốt toái, Đẳng Sâm, ngoài ra còn có cây Hồi, cây Quế, cây Trẩu,Thông nhựa.Tuy cách Hà Nội trên 150 km song ở vùng khu bảo tồn thiên nhiên 80% là người dân tộc, dân trí chưa cao, cơ sở hạ tầng còn thiếu thốn, nguồn sống của họ dựa vào rừng, dân địa phương hàng ngày khai thác rất nhiều loài cây thuốc và nguồn dược liệu để sử dụng và buôn bán, đặc biệt là vào mùa lễ hội trong vùng. Vấn đề đặt ra là vừa bảo vệ được tài nguyên rừng vừa đảm bảo được đời sống cho nhân dân. Đây chính là mục tiêu của các dự án đảm bảo đa dạng sinh học và văn hoá sắp tới.