Tuy nhiên mới đây, FDA ra thông báo cho biết có nhiều báo cáo dùng thuốc này liều cao (400-800mg/ngày) cho những trường hợp nhiễm nấm nghiêm trọng đang mang thai kể cả 3 tháng đầu thai kỳ thì hầu hết đều bị khuyết tật ở trẻ sơ sinh. Các khuyêt tật này bao gồm tật đầu ngắn (brachycephaly ), dị dạng mặt, vòm sọ phát triển bất thường, sứt môi hở hàm ếch, lệch xương đùi, xương sườn mỏng, dài xương, co cứng khớp, bệnh tim bẩm sinh. Nguy cơ này không xẩy ra ở người dùng ketoconazol trị viêm âm đạo với một liều duy nhất 150mg/ngày.
Dựa vào đó FDA xếp ketoconazol với thai phụ vào nhóm D nghĩa là nhóm có bằng chứng trên người về nguy cơ gây dị tật thai. Theo đó, không nên dùng ketoconazol cho người mang thai trong cả thai kỳ và đặc biệt trong 3 tháng đầu thai kỳ, chỉ trường hợp với người bị bệnh nghiêm trọng mà xét thấy lợi ích cao hơn nguy cơ thì mới có thể dùng nhưng cần theo dõi chặt chẽ, thận trọng.
Ngoài tác dụng phụ bất thường mới phát hiện này, khi dùng thuốc cần lưu ý: khi dùng thuốc kéo dài sẽ làm cho các loại vi khuẩn, vi nấm cảm thụ yếu với thuốc sẽ không bị tiêu diệt mà phát triển nhanh, bất thường tạo nên sự bội nhiễm cơ hội và kháng thuốc. Do vậy khi dùng ngoài hay khi uống ở liều điều trị cần theo dõi, nếu đã dùng đủ liều, đủ thời gian như liệu trình mà không đáp ứng thì phải thay ketoconazol bằng thuốc khác để tránh hiện tượng này.
Ketoconazol chuyển hóa bởi enzym cytochrom -P450, nên khi dùng với các chất chuyển hóa cũng bằng enzym này sẽ gây sự tranh chấp làm giảm sự chuyển hóa, tăng nồng độ của các chất phối hợp. Khi dùng chung với rifampicin, isoniaid, phenytoin, cyclosprin… ketoconazol làm tăng nồng độ các chất này gây độc giống như dùng quá liều. Khi dùng chung với các thuốc có tiềm năng gây xoắn đỉnh như amiodaron, dofetilid, pizomid, quinidin thì ketoconazol làm tăng nồng độ các chất này trong máu, tạo điều kiện thuận lợi cho chúng gây ra hiện tượng xoắn đỉnh. Vì vậy, cần tránh dùng ketoconazol với các chất nói trên.