Theo dự thảo, khi so sánh chi phí giữa các thuốc cần phải so sánh tổng chi phí cho toàn bộ quá trình điều trị chứ không phải chi phí tính theo đơn vị của từng thuốc. Với các thuốc không hoàn toàn giống nhau thì khi chọn cần phân tích hiệu quả – chi phí phù hợp cho người bệnh. Khi đánh giá và lựa chọn thuốc để xây dựng danh mục thuốc bệnh viện, ngoài việc lựa chọn phù hợp về phân tuyến chuyên môn kỹ thuật, đáp ứng với các phương pháp mới, kỹ thuật mới trong điều trị còn phải dựa trên nguyên tắc phù hợp với tình trạng bệnh tật và chi phí của người bệnh.